Ayasofya’nın yeniden ibadete açılma kararından sonra UNESCO’dan açıklama gelmiş ve “Bir anıtın statüsü hakkında Türkiye’nin aldığı kararı üzüntüyle karşıladık” denmişti. UNESCO’nun açıklamasında, “Türkiye’nin kararının bir diyalog ya da önceden bildirimle olmaksızın alınması üzüntü verici. UNESCO, Türk makamlarına gecikme olmaksızın, Dünya Kültür Mirası Komitesi’nin bir sonraki toplantısında, statüsü gözden geçirilecek bu istisnai mirasın evrensel değerinden geri adım atılmasından kaçınılması için, diyaloğa girmeleri çağrısında bulunuyor” ifadeleri kullanılmıştı. Karardan kısa süre önce de açıklama yapan UNESCO, “Yapılacak değişikliklerin önceden UNESCO’ya bildirilmesi gerekiyor” demişti.
Kültür ve Turizm Bakan Yardımcısı Özgül Özkan Yavuz da konuyla ilgili Twitter hesabından şu açıklamaları yaptı:”İstanbul’un Tarihi Alanları”nın bir bileşeni olarak 1985 yılında UNESCO Dünya Miras Listesi’ne kaydedilen Ayasofya, UNESCO’nun 1972 tarihli Dünya Kültürel ve Doğal Mirasının Korunması Sözleşmesinin yanı sıra ulusal mevzuatımız kapsamında da güçlü bir şekilde korunmaktadır.UNESCO Sözleşmesinde listeye kayıtlı bir varlığın işlevinin değiştirilmesine engel herhangi bir hüküm bulunmamaktadır. Ayasofya’nın cami olarak kullanılması kesinlikle anılan sözleşmenin ihlali değildir. Bu durum Ayasofya’nın üstün evrensel değerini asla etkilememektedir. Öte yandan, 8. yüzyılda cami olarak inşa edilmiş ve 13. yüzyılda kiliseye dönüştürülmüş olan ve halen ibadete açık aktif bir kilise olarak kullanılmakta olan İspanya Cordoba Camii, 1984 yılından beri UNESCO Dünya Miras Listesi’nde varlığını sürdürmektedir.”(Haberler.com)